Entre un 50 y 70% de los abortos espontáneos que se producen en el primer trimestre se deben a anomalías cromosómicas en el óvulo fecundado.
A veces se debe también a problemas que ocurren durante el proceso del desarrollo temprano, como por ejemplo que el óvulo no se implante correctamente en el útero.
Sin embargo, las causas de un aborto espontáneo no siempre se pueden conocer, por lo que es imposible a menudo saber con certeza qué ha causado ese aborto.